Ruang lingkup STAKat Negeri Pontianak telah termaktub dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 4 Tahun 2017 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Sekolah Tinggi Agama Katolik Negeri Pontianak sebagai perguruan tinggi keagamaan Katolik negeri di bawah Kementerian Agama Republik Indonesia. STAKat Negeri Pontianak merupakan perguruan tinggi yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama dan berada di bawah serta bertanggung jawab kepada Menteri Agama melalui Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik.

STAKat Negeri Pontianak memiliki tugas menyelenggarakan pendidikan tinggi yang meliputi pendidikan akademik, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu keagamaan Katolik, pendidikan, serta bidang ilmu lain yang relevan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugasnya, STAKat Negeri Pontianak menyelenggarakan fungsi:

1. Perumusan dan penetapan visi, misi, kebijakan, serta perencanaan program pendidikan tinggi;
2. Penyelenggaraan dan pelaksanaan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu keagamaan Katolik dan ilmu terkait lainnya;
3. Pelaksanaan pembinaan sivitas akademika;
4. Pelaksanaan kerja sama dengan berbagai pihak dalam rangka pengembangan tridharma perguruan tinggi; dan
5. Pelaksanaan administrasi, evaluasi, serta pelaporan.

Organisasi STAKat Negeri Pontianak terdiri atas unsur pimpinan, unsur pelaksana akademik, unsur penunjang akademik, dan unsur administrasi. Adapun struktur organisasi STAKat Negeri Pontianak terdiri atas:

1. Ketua dan Wakil Ketua;
2. Program Studi;
3. Pusat Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat;
4. Pusat Penjaminan Mutu;
5. Bagian AUAK; dan
6. Satuan Pengawas Internal